Troubles, disputes, or quarrels (e.g., arguments or internal conflicts).
あの部署は給料の件でゴタゴタしているらしい。
Apparently that department is having trouble over salary matters.
親戚同士の相続でゴタゴタが起きてしまった。
A dispute arose among relatives over the inheritance.
プロジェクトは上層部のゴタゴタで遅れている。
The project is delayed because of infighting among higher-ups.
Confusion, disorder, or a messy, muddled state (a chaotic situation).
引っ越しのあとで部屋がゴタゴタしている。
The room is in a mess after the move.
書類が散らばってゴタゴタしていて、どれが最新かわからない。
The documents are scattered and messy; I can't tell which is the latest.
会議が延びて、予定がゴタゴタになった。
The meeting ran over and the schedule got messed up.