All over Japan; throughout the country (used to indicate nationwide scope).
この商品は日本全国で販売されています。
This product is sold throughout Japan.
日本全国から応募があり、選考は厳しかった。
There were applications from all over Japan, and the selection was tough.
祭りのニュースが日本全国に伝わった。
News of the festival spread across Japan.