（医学・生物学）ウイルス学などで、感染後にウイルス粒子が検出されない時期（eclipse period）。
ウイルスは感染後しばらく暗黒期を経て増殖を始める。
文化・経済・技術などが停滞していた時期。比喩的に「暗い時代」「衰退期」を指す。
その国は長い暗黒期を経て、やがて復興した。
経済の暗黒期が続き、失業率が上がった。
近代以前の『暗黒期』という表現は議論の余地がある。